Program Pengelolaan dan Sistem Air Limbah merupakan program strategis yang bertujuan untuk melindungi kesehatan masyarakat dan menjaga kualitas lingkungan dengan mengelola air limbah secara aman, efektif, dan berkelanjutan. Air limbah yang dimaksud adalah limbah domestik yang berasal dari aktivitas rumah tangga, seperti air bekas cucian, kamar mandi, dan kakus.
Program ini mendukung sistem pengelolaan air limbah terdesentralisasi maupun terpusat, dan difokuskan pada pembangunan infrastruktur sanitasi, penyediaan sarana pengolahan, serta peningkatan kesadaran masyarakat terhadap pentingnya sanitasi aman.